संभाजी महाराजांचे ११ मार्च १६८९ रोजी औरंगजेबाच्या सैन्याने संगमेश्वर येथे अपहरण केले आणि त्यांची क्रूर हत्या झाली. मुघल सेनापती झुल्फिकार खान याने ही कारवाई केली होती. या घटनेने स्वराज्यावर संकट कोसळले. त्याच वर्षी मुघलांनी रायगडावर हल्ला चढवला आणि तो ताब्यात घेतला. संभाजी महाराजांच्या पत्नी येसूबाई आणि मुलगा शाहू यांना कैद करण्यात आले. या कठीण परिस्थितीत सोयराबाई आणि राजाराम यांना रायगड सोडून पळ काढावा लागला.

९ मार्च १६८९ रोजी राजाराम महाराजांचा रायगडावरच राज्याभिषेक झाला. इतिहासकार जदुनाथ सरकार यांच्या मते, हा राज्याभिषेक अत्यंत घाईघाईत आणि साध्या पद्धतीने झाला, कारण मुघलांचा धोका वाढत होता. वयाच्या १९व्या वर्षी त्यांनी स्वराज्याची जबाबदारी स्वीकारली. त्यांच्यासमोर औरंगजेबाच्या विशाल सैन्याचा सामना करण्याचे आणि स्वराज्याला पुन्हा एकत्र बांधण्याचे आव्हान होते.

रायगड मुघलांच्या ताब्यात गेल्यानंतर राजाराम महाराजांनी आपल्या मंत्रिमंडळाच्या सल्ल्याने दक्षिणेकडे प्रयाण केले. त्यांच्यासोबत संताजी घोरपडे, धनाजी जाधव आणि खंडो बल्लाळ यांसारखे विश्वासू सेनापती होते. त्यांनी तमिळनाडूमधील जिनजी (जिंजी) किल्ल्यावर स्वराज्याची राजधानी स्थापन केली. जिंजी हा किल्ला तीन टेकड्यांवर वसलेला असून, त्याच्या मजबूत संरचनेमुळे तो सामरिकदृष्ट्या महत्त्वाचा होता. इतिहासकार डेनिस किनकेड यांनी लिहिले आहे की, जिंजीच्या निवडीमुळे मराठ्यांना मुघलांपासून काही काळ सुरक्षितता मिळाली.

जिंजीवरून राजाराम महाराजांनी मुघलांविरुद्ध गुरिल्ला युद्धाची रणनीती आखली. ही रणनीती शिवाजी महाराजांनी प्रथम वापरली होती आणि संभाजी महाराजांनी ती पुढे नेली होती. मराठा सेनापतींनी छोट्या तुकड्यांमध्ये विभागून मुघलांचे पुरवठा मार्ग तोडले, त्यांच्या छावण्यांवर हल्ले केले आणि त्यांना सतत त्रास दिला.

संताजी घोरपडे आणि धनाजी जाधव यांनी १६९० मध्ये मुघल सेनापती झुल्फिकार खानवर हल्ला चढवून त्याला पळता भुई थोडी केली. या युद्धपद्धतीमुळे औरंगजेबाच्या सैन्याचे मनोधैर्य खचले.

१६९१ मध्ये मुघलांनी जिंजीला वेढा घातला. हा वेढा तब्बल सात वर्षे चालला. मुघल सेनापती झुल्फिकार खान आणि असद खान यांनी ही मोहीम हाती घेतली होती. मराठ्यांनी किल्ल्यावरून शर्थीने लढा दिला, परंतु १६९८ मध्ये जिनजी मुघलांच्या ताब्यात गेला. या पराभवानंतर राजाराम महाराजांनी हार मानली नाही. ते महाराष्ट्रात परतले आणि सातारा येथे स्वराज्याची नवीन राजधानी स्थापन केली. सातारा हा पश्चिम घाटात असल्याने मुघलांना तिथे पोहोचणे अवघड होते.

साताऱ्यावरून त्यांनी पुन्हा स्वराज्याचे नेतृत्व सुरू केले. या काळात मराठ्यांनी पुन्हा एकदा मुघलांवर हल्ले सुरू केले. इतिहासकार जी.एस. सरदेसाई यांच्या ‘मराठी रियासत’ या पुस्तकात नमूद आहे की, राजाराम महाराजांनी आपल्या सेनापतींना स्वतंत्रपणे लढण्याची मुभा दिली, ज्यामुळे मराठा सैन्य अधिक प्रभावी ठरले.

राजाराम महाराजांचे नेतृत्व त्यांच्या धैर्याबरोबरच त्यांच्या संयम आणि दूरदृष्टीसाठी प्रसिद्ध आहे. त्यांच्या काळात औरंगजेब स्वतः दख्खनमध्ये आला होता आणि त्याने स्वराज्याचा नायनाट करण्यासाठी लाखो सैनिक उतरवले होते. तरीही, राजाराम महाराजांनी स्वराज्याला टिकवून ठेवले. त्यांनी प्रशासनात सुधारणा केल्या आणि स्वराज्याची आर्थिक व्यवस्था मजबूत करण्यासाठी प्रयत्न केले. त्यांनी ‘पंतप्रधान’ आणि ‘पेशवे’ यांसारख्या पदांना अधिक अधिकार दिले, ज्यामुळे प्रशासनाला स्थिरता मिळाली.

त्यांचे वैयक्तिक जीवनही प्रेरणादायी आहे. त्यांना तीन पत्नी होत्या – जानकीबाई, ताराबाई आणि राजसबाई. ताराबाई या त्यांच्या सर्वात प्रसिद्ध पत्नी होत्या, ज्यांनी पुढे स्वराज्याचे नेतृत्व केले. त्यांना चार मुले होती, त्यापैकी शिवाजी दुसरा हा ताराबाईंचा मुलगा नंतर छत्रपती झाला.

छत्रपती राजाराम महाराजांचे निधन २ मार्च १७०० रोजी सिंहगडावर झाले. त्यावेळी ते फक्त ३० वर्षांचे होते. त्यांच्या निधनाचे कारण आजारपण मानले जाते, जे त्यांच्या सततच्या युद्ध आणि प्रवासामुळे आले असावे. त्यांच्या मृत्यूनंतर स्वराज्यावर पुन्हा संकट आले, परंतु ताराबाई यांनी नेतृत्व स्वीकारले आणि मुघलांविरुद्ध लढा चालू ठेवला. ताराबाईंनी आपला मुलगा शिवाजी दुसरा याला छत्रपती घोषित केले आणि स्वराज्याला स्थिरता दिली.